El Consell d’Administracio és l’òrgan de representació, govern i gestió de Mutual Mèdica, i té com a funcions fixar les directrius generals d’actuació en la gestió de l’entitat, a més de nomenar els càrrecs de direcció de la mutualitat. Està format per metges, que vetllen per oferir els productes i serveis que el col·lectiu necessita.

La Comissió d’Auditoria i Control serveix com a canal de comunicació entre el Consell d’Administració i els auditors. Avalua els resultats de cada auditoria i les respostes de l’equip de gestió a les seves recomanacions. Així mateix, comprova l’adequació i la integritat dels sistemes de control intern, examina el compliment de les regles de govern de Mutual Mèdica i planteja les propostes necessàries per a millorar-les. Està formada per consellers electes, mutualistes elegits en Assemblea i un professional extern.

La Comissió d’Assegurances i Prestacions té com a finalitat adjudicar les prestacions de les assegurances de vida; assessorar en la gestió de les assegurances de mutualistes (altes, ampliacions, acceptació o no de prestacions, etc.). Està formada per consellers electes del Consell d’Administració.

La Direcció General porta la gestió de l’entitat, en dependència del Consell d’Administració. En concret, és la responsable de la gestió econòmica i del compliment de la normativa dels objectius fixats pel Consell i és responsable de l’organització interna i de la direcció del personal.