El Consejo de Administración es el órgano de representación, gobierno y gestión de Mutual Médica y tiene como funciones fijar las directrices generales de actuación en la gestión de la entidad, además de nombrar los cargos de dirección de la mutualidad. Está formado por médicos, que velan por ofrecer los productos y servicios que el colectivo necesita.

La Comisión de Auditoría y Control sirve como canal de comunicación entre el Consejo de Administración y los auditores. Evalúa los resultados de cada auditoría y las respuestas del equipo de gestión a sus recomendaciones. Asimismo, comprueba la adecuación y la integridad de los sistemas de control interno, examina el cumplimiento de las reglas de gobierno de Mutual Médica y plantea las propuestas necesarias para mejorarlas. Está formada por consejeros electos, mutualistas escogidos en Asamblea y un profesional externo.

La Comisión de Seguros y Prestaciones tiene como finalidad adjudicar las prestaciones de los seguros de vida; asesorar en la gestión de los seguros de mutualistas (altas, ampliaciones, aceptación o no de prestaciones, etc.). Está formada por consejeros electos del Consejo de Administración.

La Dirección General lleva la gestión de la entidad, en dependencia del Consejo de Administración. En concreto, es la responsable de la gestión económica y del cumplimiento de la normativa de los objetivos fijados por el Consejo y es responsable de la organización interna y de la dirección del personal.