¿Cómo afecta el IVA a los médicos? Servicios exentos y sujetos a tributación

Si ejerces por cuenta propia como médico, ya sea en régimen de autónomo, sociedad profesional o en una consulta privada por cuenta propia,  hay una parte de tu ejercicio que no conviene dejar para después: el IVA. Entender cuándo tienes que aplicarlo y cuándo no puede evitarte errores, sanciones o inspecciones. Pero, sobre todo, te permite ejercer con más seguridad.

En esta guía te explicamos de forma clara qué servicios están exentos de IVA, cuáles no, y qué implicaciones tiene esto en tu facturación si estás empezando tu actividad profesional.

¿Qué dice la normativa sobre la exención?

El marco legal actual es la Ley 37/1992 del Impuesto sobre el Valor Añadido (LIVA). En su artículo 20, se establece que están exentos del IVA los servicios de asistencia a personas físicas prestados por profesionales médicos o sanitarios, siempre que tengan como finalidad el diagnóstico, la prevención o el tratamiento de enfermedades.

Esta exención no depende de si eres autónomo o ejerces a través de una sociedad, ni de si trabajas en una clínica privada: lo importante es que el servicio tenga finalidad sanitaria directa y que esté prestado por un profesional reconocido.

También se consideran exentos determinados servicios como:

• Actividades odontológicas y estomatológicas realizadas con fines terapéuticos.
• Entregas de sangre, plasma o tejidos humanos para fines médicos o de investigación.
• Asistencia médica en el contexto de hospitalización o consulta.

Servicios médicos exentos de IVA

Siempre que cumplan los requisitos anteriores, estos servicios no llevan IVA:

• Consultas médicas (generales o especializadas).
• Intervenciones quirúrgicas con finalidad terapéutica.
• Servicios odontológicos vinculados a la salud.
• Análisis clínicos, pruebas diagnósticas, revisiones preventivas.
• Donación o cesión de fluidos humanos con fin sanitario.

En estos casos, la factura debe reflejar que se trata de una “operación exenta según el artículo 20. Uno. 3º de la Ley 37/1992 del IVA”.

Servicios médicos que sí llevan IVA

Hay casos en los que, aunque seas médico colegiado, debes aplicar el 21 % de IVA en tus facturas. Ocurre cuando el servicio no tiene una finalidad sanitaria reconocida por la normativa fiscal.

Esto incluye, por ejemplo:

• Tratamientos estéticos sin justificación médica, como procedimientos puramente cosméticos.
• Servicios prestados por profesionales no reconocidos como sanitarios, como acupuntores, naturópatas o masajistas.

En estos supuestos, el servicio se considera sujeto y no exento, por lo que debes emitir la factura incluyendo el IVA correspondiente.

Si combinas servicios exentos y no exentos

Es habitual que un médico combine actividades sanitarias exentas con otras que sí llevan IVA. En ese caso:

• Desglosa claramente los servicios en la factura.
• Aplica el IVA solo a los servicios sujetos.
• Es recomendable llevar una contabilidad diferenciada para evitar confusiones.

Aunque no sea obligatorio por ley, esta organización puede ayudarte si tienes que justificar tu actividad ante Hacienda.

Buenas prácticas de facturación médica

Para facturar con seguridad y evitar errores:

• Verifica si el servicio tiene finalidad sanitaria y si tú estás habilitado como profesional sanitario.
• Si es un servicio exento, indícalo en la factura con la referencia legal.
• Si no lo es, aplica el 21 % de IVA y desglósalo correctamente.
• Guarda una copia de cada factura, bien organizada.
• Si tienes dudas, consulta con un asesor especializado en fiscalidad médica.

Gestionar correctamente el IVA también forma parte de tu ejercicio profesional

Ejercer por cuenta propia implica muchas decisiones más allá de lo clínico. Tener claridad sobre el IVA (saber cuándo aplicarlo, cuándo no, y cómo justificarlo) no solo te evita problemas: te permite centrarte en lo que sabes hacer, con tranquilidad.

En Mutual Médica te acompañamos en cada etapa de tu carrera, también en la parte menos visible del ejercicio médico. Porque ejercer con seguridad empieza también por entender bien cómo funciona tu actividad desde el punto de vista fiscal.

IVA y facturación médica: preguntas frecuentes con respuestas que sí entiendes

¿Todos los médicos tienen que aplicar IVA?

No. Si tus servicios tienen finalidad sanitaria y tú eres un profesional sanitario reconocido, están exentos de IVA según la Ley. Esto aplica tanto si eres autónomo como si ejerces a través de una sociedad.

¿Y si soy residente o acabo de empezar como autónomo?

Lo que importa es el tipo de servicio, no tu antigüedad. Si está orientado a la salud y tú puedes ejercer legalmente, la exención aplica igual. Eso sí, debes darte de alta correctamente en Hacienda.

¿Qué pasa si presto un servicio estético?

Si el servicio no tiene una finalidad sanitaria (por ejemplo, estética facial sin necesidad médica), sí lleva IVA.

¿Tengo que hacer algo si solo doy servicios exentos?

Sí. Debes darte de alta con el modelo 036 o 037 y especificar que tu actividad está exenta. Aunque no declares IVA, debes justificar tu actividad si Hacienda lo solicita.

¿Qué tiene que incluir una factura exenta?

• Datos del médico y del paciente.
• Descripción del servicio.
• Importe total.
• Nota: “Operación exenta de IVA según art. 20.Uno.3º de la Ley 37/1992”.

¿Y si combino servicios con y sin IVA?

Debes desglosarlos por separado en la factura y aplicar el impuesto solo al que corresponda. Llevar una contabilidad clara ayuda.

¿Puedo deducirme el IVA de mis gastos si no facturo con IVA?

No. Si solo realizas servicios exentos, no puedes deducirte el IVA de tus gastos.

¿Qué modelos tengo que presentar?

• Si solo haces servicios exentos: no presentas modelos de IVA.
• Si facturas con IVA: debes presentar el modelo 303 (trimestral) y el 390 (anual).

¿Qué pasa si me equivoco con el IVA?

Puede suponer sanciones o correcciones. Por eso es importante consultar con un asesor fiscal cuando empiezas a ejercer por cuenta propia.

¿Te suena a chino? Tu diccionario rápido del IVA médico

IVA (Impuesto sobre el Valor Añadido)

Impuesto que se aplica a bienes y servicios. Como médico, no siempre tienes que aplicarlo: depende de si el servicio tiene finalidad sanitaria.

Exento de IVA

Significa que no se aplica IVA en la factura. No lo cobras ni lo declaras, pero debes justificar por qué no lo aplicas.

Tipo impositivo

Es el porcentaje que se aplica. En 2025, el tipo general en España es el 21 %.

Profesional sanitario reconocido

Médico u otro profesional con titulación oficial y autorización legal para ejercer.

Finalidad sanitaria

Servicios que tienen como fin diagnosticar, prevenir o tratar una enfermedad. Si no cumplen esto, llevan IVA.

Factura exenta

Factura sin IVA. Debe incluir la nota legal que justifique la exención.

Modelo 036 / 037

Formulario para darte de alta como autónomo en Hacienda.

Modelo 303 / 390

Declaraciones trimestral y anual de IVA. Solo se presentan si facturas servicios con IVA.

Deducción del IVA soportado

Puedes deducirte el IVA de tus gastos solo si tú también estás obligado a repercutir IVA.

Una gestión fiscal clara y sin complicaciones

Esperamos que esta guía te haya resultado de utilidad para conocer los honorarios médicos exentos de IVA. Conocer qué servicios médicos están exentos de IVA y cuáles requieren su aplicación es clave para cumplir con la normativa fiscal. 

Si tienes dudas sobre la tributación en tu actividad profesional, en Mutual Médica estamos para acompañarte. Puedes contar con el apoyo de uno de nuestros asesores especializados te permitirá optimizar tu gestión y garantizar una facturación sin errores.